En 1965, el museo se dividió en dos organismos: el Museo Histórico Colonial y el Museo de Bellas Artes. Posteriormente, en honor al Teniente Gobernador Manuel Cabral de Melo y Alpoin, el Museo Histórico fue renombrado.

El edificio del museo tiene una arquitectura colonial con elementos italianizantes y ha sufrido diversas modificaciones a lo largo del tiempo. Cuenta con un amplio patrimonio cultural, como colecciones de luchas civiles, arte sacro, la Guerra del Paraguay y una galería de gobernadores y obispos. Además, se realizan actividades culturales y académicas, incluyendo conferencias, exhibiciones y visitas guiadas.

El museo ha colaborado con varias instituciones académicas desde 1993, destacando su relación con el Instituto Correntino de Ciencias Genealógicas y otras entidades históricas y culturales.