En 1854, Corrientes fue invitada a la feria internacional de París, pero no pudo asistir. El gobernador Dr. Juan Pujol propuso al Dr. Amado Bonpland como director de una Exposición Provincial Permanente en una residencia del siglo XIX. A finales del siglo XIX, este lugar albergó una biblioteca pública y un Museo de Ciencias Naturales hasta su demolición en 1920.

Bonpland organizó el museo y aportó un herbario. Tras su muerte en 1858, el museo cerró y reabrió como Museo de la Provincia bajo la dirección de Pedro Scalabrini, quien incorporó importantes colecciones paleontológicas. En 1902, se anexó a la Escuela Graduada N° 1 para ser utilizado como material didáctico.

La Ley N° 395/22 creó una Exposición Permanente en la Escuela del Centenario, donde se formó un herbario regional. En 1958, el museo fue renombrado «Amado Bonpland» y se independizó del Consejo de Educación, integrándose al Instituto de Cultura de Corrientes.

El museo destaca por ser uno de los primeros en el interior del país y por la figura de Bonpland, considerado un padre de la ciencia americana. En 2017, se trasladó a la Avenida Costanera, promoviendo la cultura y el turismo.

Su patrimonio incluye más de 17,000 especímenes, fósiles de megafauna, colecciones de mineralogía y geología, invertebrados, aves (más de 400 especies del Iberá) y vertebrados. También cuenta con una biblioteca especializada en ciencias naturales.